《星际争霸Ⅱ》剧情上延续了《星际争霸》初代作品的剧情和世界观，保留了一些《星际争霸》的兵种与建筑，同时一些兵种被赋予了新的技能，一些兵种被淘汰或代替了。旧有兵种、升级兵种以及全新的兵种一一登场，为了各自种族的生存，展开搏杀，战火烧遍整个星系。

游戏结构类似于《星际争霸》，主要的游戏技巧着重在资源上，玩家用采集的资源建造不同的建筑、军队并进行升级。

单人战役

本作的战役随着发行资料片分为三个部分，对应的是人类、异虫和星灵。战役中玩家可以使用一些被移除的前代游戏的部队单位，以及一些在大本营中进行的升级、科研等内容，并且在战役中除了常规的生产部队完成任务，还额外提供了总部的支援系统。人类、异虫、星灵的大本营（旗舰）均可解锁相应的技能，对战场进行支援。

战役中引入了分支剧情的内容，但是三部分战役整体之间不存在解锁问题，同时，虽然时间线有先后，但是上一系列战役中的选择并不会影响下一系列战役。

多人游戏

作为即时战略游戏的重要元素，多人对战功能被暴雪包含到游戏中并提供了良好的支持。

与前代作品不同，玩家需要通过战网的游戏大厅与各地的玩家进行对战。暴雪提供了多种不同的对战形式，最常见的是单挑（one on one）和组队作战（Top vs Bottom，2 vs 2和3 vs 3的形式居多）。此外，也有一些玩家喜欢组队与电脑对战，通常通过地图设定来使电脑在对战的时候获得一些优势（这样可以使对战更具挑战性）。暴雪曾经发布过一些使电脑拥有巨大优势的“疯狂级”地图。星际争霸提供开放的编辑地图的软件，使得广大的星际爱好者可以修改、创造、编辑自己喜爱的地图，再应用到对战当中去。更有一些星际爱好者创造出RPG地图、微操作地图使得星际的玩法多种多样。

常规地图

游戏除了沿用第一代作品的地图总体设定，还成功加入了3D游戏的Z轴，实现了真正的立体画面。

游戏地图只有地面和空中的区别，地面有高地与洼地的区别，在低处的单位在遭到攻击之前无法看到高处；而按照剧情，地图的不同环境绝大多数仅仅体现在外观。空中单位可以穿越一切障碍并且视野不受地形限制。

在剧情战役模式下，有时会出现封闭环境的地图，此类地图中没有矿物，并且不会出现空中单位。

游戏提供了地图编辑器，允许玩家修改或制作不同的对战地图。

星际争霸2的游戏本身虽然没有给单位开放道具栏，但是其丰富的地图引擎可以像《魔兽争霸3》一样开放道具栏编码，从而制作大量风格迥异的自定义地图。

大本营

在游戏的战役模式下，玩家可以进入相应的大本营。不论《自由之翼》、《虫群之心》还是《虚空之遗》，游戏都在战役章节之间设置了类似主营、旗舰的场景，随着剧情发展有时会有相应的变更，例如人类的休伯利安号，异虫的利维坦，星灵的亚顿之矛等等。

在大本营里，玩家除了可以和重要NPC对话，还可以选择升级科技、调整下一战役部队的部署等等，这些活动都在不同的场所，玩家可以在这些场所中自由切换。

大本营的场景是动态的，随着剧情的交代，相应的单位或者设施会逐渐出现在场景中。