故事发生在未来，海平面上升导致世界大部分地区被海水淹没，主角所在的小镇也正处于被淹没的边缘，在这个夏天，机器人少女和独腿的少年相遇了，从此他们的人生开始发生了一些改变。

在不远的未来，海平面原因不明地急速上升,导致了地表多数都沉入海中。

小时候因为事故而失去一条腿的少年・斑鸠夏生，厌倦了都市的生活，移居到了海边的乡村小镇。

曾经身为海洋地质学家的祖母留给他的、就只有船、潜水艇还有债务。

夏生为了取回“失去的未来”，与迷之讨债人凯瑟琳一起，潜海前往据说保存着祖母遗产的海底仓库。

在那里，他遇到了一位沉睡在如同棺材一般装置中不可思议的少女――亚托莉。

她是一位构造精密到与人类别无二致，而又丰富感情的机器人。

从海底被打捞起来的亚托莉如是说到。

「我想完成主人留给我的最后的命令。在此之前，我会成为夏生先生的腿！」

在一个逐渐沉入海中的平和小镇，

少年和机器人少女的难忘夏日就这么开始了——