《塞尔达传说时之笛》游戏是一款冒险游戏，在非常久之前,世界还是一片混沌，生命还没有出现的时候。三位伟大的黄金女神降临到海拉鲁的混沌之上。她们是力量女神丁妮，智慧女神娜茹和勇气女神花柔。

丁妮用她强健炙热的双臂，耕耘并创造了土壤。娜茹将她的智慧倾注于土壤，为世界制定了灵魂法则。花柔则用她充沛的精力创造了遵循这个法则的所有生命形式。 三位伟大的女神离开海拉鲁返回了天国，留下神圣的黄金三角力量。从那以后，神圣的三角力量变成了世界万物的宗源，三角力量所在的地方成为了圣地。

在广袤浓密的科克里森林，伟大的德库树是森林的守护精灵。森林里的孩子们，科克里人和伟大的德库树生活在一起。每一个科克里人都有自己的守护精灵，但是一个男孩却没有，他的名字叫林克。

一天凌晨，林克正在做着那个每晚他都在做的恶梦。在猛烈的暴风雨中，林克发现自己站在一座神秘的城堡前，一名骑士带着女孩骑着马从他身边飞奔而过。那个女孩看着林克，好似在说些什么。接着，另一名骑士出现了，这名黑装骑士以邪恶的目光瞪着林克，然后林克被惊醒了······