主题医院3分成12个小关，当你建成一个医院，就会收到董事会的感谢信，并委托你去开办另一个更高层次的医院。主题医院、主题医院2、主题医院3都是同一款游戏，不同的名字而已。

玩家每过一关，虽是千篇一律的评价，但给人的感觉却与以往的模拟游戏大不一样了，因为玩家可在每个小胜利中都得到满足，无需到最后才有满足感。游戏也有同行业竞争排名次的方式，增加了紧张程度。

第一关

过关条件：声誉300，总资产1万，治愈人数10人，治愈率40%，医院价值5.5万。

此关难度较低，在设施方面只要建造服务台、一般诊断室、精神病诊断室和药房，员工只要有服务小姐、医生、护士，基本上就可以过关。此关中，大头病频繁出现，可建造一间大头病治疗室专门医治此种病症，使医院的各方面迅速发展，迅速过关。

第二关

过关条件：声誉300，总资产1万，治愈人数40人，治愈率40%，医院价值6万。

与上关相比，难度有所增加，设施也要多建造一些。但只要把服务小姐、医生、护士、杂工等安排妥当，也容易完成任务。这关的难点是医院价值不容易达到，玩家可增加员工、改善医疗环境、添置新设备、购买新土地等方法，以达到这个过关条件。

第三关

过关条件：总资产2万，治愈人数60人，医院价值8万。这关的难度同第二关差不多，不同的是过关条件高了些。

从这关起增加了手术室，但这关需要用做手术治疗的病人并不多，所以可以不修建手术室。

第四关

过关条件：声誉400，总资产5万，治愈人数200人，治愈率45%，医院价值12万。

从这关开始，游戏的难度开始大幅度增加，人才缺乏，只有3个主治医生，因此要建训练室，自己抓紧时间培训人才。这关有地震出现，破坏力很高，有可能毁坏设备，造成重大的经济损失，并使医院声誉降低。对付地震的方法是，当地震发生时，马上储存进度，当地震完了后，再读取进度，并放慢游戏速度，更换全部损坏的机器。

第五关

过关条件：声誉500，总资产8万，治愈人数300人，医院价值13万。

与上关同，但难度增加。