拳皇2000以“拳皇09”为基础，将游戏进行了改良，导入更加主动化的援护系统，使得援护战术能够得以更好的展现。而且过去的SNK游戏作品中的多数角色作为援护人物登场，让这部作品不得不说是集历代之大成的完美体现。

通常SNK在每年的夏天引爆新一轮的格斗热潮，但是这一次，KOF2000迟到了！直到冬天，《拳皇2000》才出现。KOF2000是SNK的正宗KOF系列的最后一部作品，也是拳王御用人设师森气楼的最后一部作品。似乎是想好了要向FANS告别，KOF2000里尽是熟悉的身影，出色的画面让人不敢相信这仍然是用了十几年的16位基板的作品。

二零零零年——就像N.E.S.T.S组织预料的一样，全球的恐怖事件正一轮接一轮的展开着。与此同时哈迪兰上校（Heidern）与他的部下觉得事情与K'，Maxima他们两人有关，并策划去调查他们。正当哈迪兰上校准备跟踪K'与Maxima时却得知令一场格斗比赛即将开幕，《格斗之王2000》争霸赛。世界各地的格斗家收到了邀请卡准备全力应战，但是他们万万没想到的是K'与Maxima也在队伍中。此外，神秘组织N.E.S.T.S所发出的邀请卡意味着第二阶段的计划已经开始了。神秘组织N.E.S.T.S的行动是个巧合？又或者是……？只有时间才能证明这一切。就像暴风雨之前的平静，混乱即将开始！拳皇大赛又开幕了.就在大赛快要结束的时候，ZERO杀死了巴西佣兵指挥官凌先生，放置了克隆人在海顿身边，最后用等离子大炮想叛变N.E.S.T.S。