该作的系统有不少都是承继了前作《东方风神录》的，但也有些是以之前的各作品为基础改变而成的。自机的选择和前作一样，都是博丽灵梦及雾雨魔理沙，不过武器选择则变为支援角色的形式，2名自机角色分别都有3名支援角色，总其有6种自机与支援角色的组合。游戏模式则是4种难度，全部6关，达成一定条件后可以开放Extra模式挑战。
故事背景
在下着雪的冬季里，博丽神社经过修复之后，从倒塌了的状态中回复过来。不久有一天，博丽神社附近突然有泉水喷出。受此影响，博丽神社的参拜客增加。可是，正当灵梦为此感如欣喜之时，却发现到泉水那边有怨灵涌出。灵梦感到非常惊慌，不过见那些与泉水一起出来的地灵也对她没有什么问题，所以灵梦继续享受温泉。另一边厢，红魔馆里的帕秋莉·诺雷姬看见地底下的妖怪和地灵来到地上，感觉事态严重，与八云紫相讨形势。在不直接以妖怪之身干涉地底事情的情况下，妖怪们委托灵梦及魔理沙进入地底，而她们则留在地上对两人作出支援。
基本操作
上下左右键 自机移动
Shift键 低速移动
Z键 射击
X键 bomb
ESC键 暂停、暂停解除
Ctrl键 跳过对话
基本系统详解
自机、装备
分别为博丽灵梦及雾雨魔理沙两人，武器类型由支援角色的性质决定。不同的支援角色会影响自机的射击、灵击，更会带来不同的特殊能力。此外，不同的支援角色选择都能引发不同的故事结局。
移动
移动分为高速移动及低速移动两种，可透过按钮（默认为键盘Shift键）改变移动方式。高速移动是通常的移动方法，低速移动则会把自机的移动速度降低以加强操作精细度，用以在密集的弹幕间回避。
射击
射击的性能根据角色及武器种类而有所差别。高速移动或低速移动也会令射击变化。
Power up
从击破的敌人中取得的P道具可增加自机的“Power”以强化附加武器的攻击力，自机自身的攻击力无法强化。当Power为0.00点时不会出现武器种类的攻击，要到1.00点或以上才会出现。Power每增加1.00点，附加射击的威力都会变得更强。Power值最多可以加至4.00点（雾雨魔理沙的爱丽丝装备为8.00），此时即会进入“Full Power Mode”，画面上的P道具都会变成其他道具，但进入此模式时不会再消去画面上的敌方弹幕。至于在“高速移动”和“低速移动”之间，攻击方式都会有所不同。
道具自动收集
自机移动到自动收集的界线上方，即可自动搜集道具，没有Power限制。低速模式中吸收道具的范围会增加。在第1关开始时，画面上会显示道具自动搜集的界线一段时间，让玩家确认道具自动收集的有效位置。
Bomb（远隔灵击）
本作的Bomb被称为“远隔灵击”。设定上为地上的支援人物作出的支援灵击，不同的支援角色的灵击效果也不一样。当使用灵击时，会消耗1.00点Power值。可以作为“被弹Bomb”使用，自机数不减，但代价是无敌时间较短。
Extend
收集一定数量的残机碎片获得1UP。
擦弹
该作中擦弹可使通信强度上升。另外，前作取消了的擦弹次数（Graze）计算，则在该作恢复了。
续关
续关时会在关卡开首重新开始，并不会就地复活再登场。至于续关限制回数则改为无限次。另外，已续关次数会在分数的个位数上显示出来，最多显示为“9”点。
P道具
取得后可增加Power值，增加到一定程度后可加强自机射击。P道具分成小型的和大型的两种，小型都可增加0.05点，大型的则可增加1.00点。
残机碎片
每收集5个即可增加1个残机。此道具可在中头目战或头目战时，在没有Miss之下削去对方的耐久值后取得。
特色系统
通信强度、得分最大值
本作有着“通信强度”（交信通度）与“得分最大值”两种计算值存在。取得点道具时，此两种数值相乘的积即为可得的分数。
通信强度
通信强度是在画面左下角与数字一同显示的一个像手机讯号显示的计量。通信强度在自机移动到道具自动搜集的界线上时会增至全满，而在擦弹时也会上计。通信强度的最小值为0.00，最大值为1.00。另外，当Graze的次数每增加100时，通信强度的最大值和最小值都会增加0.01点。通信强度会在离开道具自动搜集界线或没有擦弹时开始下降，同时若果是持续 擦弹了一段时间的话，当停止擦弹时，通信强度在短时间内也不会下跌。
得分最大值
本作中，取得点道具时的得分最大值会与通信强度一起在画面左下角中显示。此值的初始值在不同难度之下都会不同，Easy为25000、Normal为50000、Hard为100000、Lunatic为200000，至于在Extra模式时则为200000。此数值会在自机Miss时 下降回初始值。
得分最大值道具
可增加得分最大值的道具，分为大型、小型与超小型三种。大型的可增加100点，能在击破敌机时取得，其模型与前作的大型信仰点一样；小型的可增加10点，是当自机的Power值全满时代替P道具出现的，模型与前作的小型信仰点一样；超小型的则是由敌弹变成的，每取得100个可增加得分最大值10 点，模型与前作的超小型信仰点一样。
