《蓝色战车3D：秘密武器》去掉了嘈杂的雷电效果，恢复了原来的清爽风格，并加入了新的元素。在这个版本中，游戏开始时会有两件自动武器摆在你面前，一件是激光炮，威力比较小，但射程很远；另一件是火焰喷射器，威力大但射程近。你可以选择一件装备起来，让它辅助你战斗（一次只能选择一件，未被选中的会消失）。如果你不喜欢这些自动武器，也可以摧毁它们，这样可以得到一定的奖分（每个2500）。
在这个版本中，玩家坦克的防御力有所提高，可以承受更多的炮火。但敌人也更加强大，新增了一种狡猾的黑色坦克，它懂得“敌进我退”的原则，会努力与玩家保持一定距离以投掷榴弹。这种新坦克更难干掉，但击中它会有更多的奖分。