「轩辕剑参别传．天之痕」故事，发生在「轩辕剑参」之前一百五十年前的我国，年代是我国的隋朝。陈国遗民沉痛祖国亡灭，在公元六○一年，集结了数万戎马，发兵抵挡，目的复兴故国。隋文帝当即命令平乱，但是让陈国抵挡军讶异的是：朝廷的平乱部队居然只要二十人不到之戎马，而为首之人，竟是一位年仅十岁之少年！这位身披大氅的奥秘少年，以一把奥秘的「黄金之剑」，在只是一击之间便将数万陈国抵挡军马一瞬消除殆尽,,灰飞烟灭。奥秘少年与全国无敌之黄金剑「轩辕剑」威名，自此令拥有人闻之色变，再也没人敢起兵叛变朝廷。 

十六年后，隋炀帝年代，男主角「陈靖仇」奉师父之命，踏上寻觅传说中五样华夏上古神器之旅。陈靖仇是陈国后嗣，在襁褓年代隋朝四处搜捕陈国遗族时，他的师父陈辅献身了自个的孙儿，冒险将陈靖仇代替救出。陈辅将自个复国的希望，全落在幼小的陈靖仇身上（陈靖仇之名，便是「靖北虏，复国仇」的意思）。

因为十六年前历经那场触目惊心之噩梦，师父深知自个肯定无法敌过那位手持轩辕剑的奥秘少年，所以决计转换方法，开端四处寻觅传说中能让人取得全国之五样上古神器:宓羲琴,,神农鼎,,崆峒印,,崑崙镜,,女娲石，计划收齐它们，以它们的力气来复兴故国。一场艰苦的复国之旅，逐页打开。