最高指挥官2是一款即时战略类游戏，在战争中，玩家可以定制庞大的军队，而且任何时候都可以投入实验性质的战争机器，改变整个战局!玩家可以选择成为三个神秘的战争指挥官中的任何一个，他们每一个都代表一个独特的阵营，拥有丰富的故事，代表了RTS类型的一个新的高度。你还可以选择这些阵营进行在线的战斗!你会忠诚于哪一方?

《最高指挥官2》游戏设定于终极战争结束后25 年，刚当选的防御同盟总统却遭到暗杀，使得原本恢复和平的宇宙再度爆发冲突，三大势力赛伯安民族、万世皇族和联合地球联盟交相指责，战争迫在眉睫。

游戏中设置了雷达系统，这样可以让侦查单位在战场上发挥更大的作用，更并应用了最新的视角镜头技术，让玩家可以轻松的调整 - 甚至可以将整个战场变成战略图。

完全重新编程制作。全新的图像引擎，全新的水面阴影效果，新的光影系统(多重影子，单位的影子会被附近更大单位/物体的影子所覆盖)。续作中，特别是水的特效，做得非常的出色 - 水不单只反射，折射光，在有潜艇浮出水面或是战舰被击沉的时候，还会化为泡泡。在浅水区域，玩家甚至可以将被击沉的战舰变成资源回收。

《最高指挥官2》中的单位在靠近的时候，会自动联合并开始进军，这是游戏的新特性之一 - 战略模式。如之前所提到的一样，游戏可以将镜头拉远，让地图变为缩略地图，方便指挥。如果玩家有两个屏幕的话，就可以在一个屏幕上使用缩略地图，另一个屏幕使用常规地图。

这一次的游戏依旧可以使用双屏幕，但是战略模式状态下，战场的声音会自动转换成为雷达的信号音，增加指挥官的感受。地图上的友军，会自动标注，并且可以轻松下达移动和进攻的指令。Taylor先生说，游戏依然可以使用传统的方法给选定的部队编号(CTRL加数字键)，但是他希望战略模式能有自动编号功能，以此来减轻玩家的疲劳，同时他希望游戏能够取消小地图(不是完全根除，仍旧会给需要的玩家提供)。

游戏会在原作的时空中继续，仅接住Forged Alliance的大开发 - Gas Powered Games工作室设计了完整的故事情节，非常的仔细。但是这一次的《最高指挥官2》中的冲突，不再是关于个人主义导致的战争，而更多的关注于几个主要角色间的关系。