在本作中关于“口袋妖怪”未来世界的章节将逐渐明了，将是个涉及大地和海洋的壮大的故事。主人公在游戏中必须要去阻止在“红宝石、蓝宝石”中出现的两大势力的阴谋。游戏中将加入可以游玩7大战斗的“BATTLEFRONTIER”。其中包括靠战斗来一决胜负的“BATTLEDOOM”，玩家将靠3匹口袋妖怪进行连战；还有靠运气的“BATTLETUBE”，是从3个入口中选择其一，最终目标是到达终点的充满挑战的设施。