《爱丽丝49》是结合“本格神秘小说”和“冒险游戏”这两个要素结合的游戏，加入了神秘古典 “who done it?(犯人是谁)”的要素，在游戏中找出引起事件的真犯人就是玩家的目的。内容是分为推理篇和解决篇。推理篇是加入了像小说一样的本格神秘，解决篇就是找出真正犯人解决的过程。

这是一个近未来的故事。在深山的洋馆举办的假面舞会中发生了杀人事件，报纸上刊登了这个轰动性的新闻。有一天，在私立阿弖流为学园神秘研究会的活动室中，突然出现了一名神秘少女。

“和我一起，到书中弄清真相吧。”少女递出一本书，神秘研究会的成员们不知不觉失去了意识。当他们醒来的时候已经身处一个不思议的世界里。

“能够解开这本书中的谜团的话，就能回去原来的世界。”。最后他们能解开事件的谜团，平安回到原来的世界吗？