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武汉市第三医院药学部是卫生部临床药师培训基地、武汉市临床药学质量控制中心及武汉市临床药学重点学科。是集药品采购供应、药品质量管理、临床药学服务、个体化诊疗研究、新药和新制剂研发及科研教学于一体的综合性药学专业科室。承担着全院药品的合理用药、质量控制、保障供应等工作。

下设机构包括门诊、住院、草药中心药房，药品库房，炮制室，临床药学室，同仁中医药研究所，个体化诊疗研究中心，临床药学实验室，动物实验中心(实验室均对全院开放)。