ClustalX是一款序列比对分析软件，用于多重比对不同物种的序列，以确定该序列与其它序列间的同源性大小，是生物学上用来研究分子序列的应用程序,在对核酸与蛋白序列进行多序列比对时就要用到它。

启动软件后首先输入要比对的序列文件，然后再设定比对的参数，然后开始比对。当比对完成后，可选择保存比对结果的文件类型。