在《哈利·波特与秘室》中，玩家有机会得以继续扮演哈利·波特，探索霍格沃茨的神奇世界，但接受的将是更残酷的考验。与《哈利·波特与魔法石》一样，整个游戏的主线仍将以原著为主。哈利将不顾家养小精灵多比的警告而回到霍格茨沃。但是，如警告所说，学校里接连发生好几起令人恐怖的事件，这在霍格沃茨引起了极大的恐慌。在这些不幸当中，哈利的好朋友赫敏被石化，看守人海格被诬陷为这一系列事件的主谋，而哈利本人也受到了生命的威胁。为了解救好朋友，哈利与罗恩等人一起拨开重重迷雾，最终找到了真正的敌人——年轻时的伏地魔汤姆·里德尔，杀死蛇妖，拯救整个霍格沃茨。在这整个的过程，还有许多的支线任务等待着哈利去完成。