洛克人X6的故事发生在《洛克人X5》之后， 在艾克斯(X) 与杰洛(Zero)的联手下，成功的阻止西格玛军团企图利用殖民卫星蓄撞地球的毁灭危机，不过杰洛也因此受到严重损伤。但是事情并没有这样结束，一种神秘的电脑病毒ZERO肆虐，导致地球上的机器人集体发狂攻击人类，而这一切似乎与艾萨克（Issac) 博士进行的梦魔计画(Nightmare) 有关。