《封印之城》故事发生在距今约十年前，日本东京突然发生的恶魔召唤异变冲击了整个世界，最后导致东京地区一带几乎全毁，并且在东京地区中心处遗留了黑暗核心的深渊地带，后人称之为“S1”地区，徘徊着许多力量强大的恶魔，并且设有禁止进入区域。